國家從上世紀90年代就致力于“碧水藍天”的恢復，公眾自覺的環境保護和參與意識也日益廣泛和深入，作為環境質量監測耳目的分析儀器則扮演著越來越重要的角色。因為對環境質量的要求已隨著國家大規模環境治理和改善從顯性逐漸轉為隱性，滾滾黑煙、腥臭刺鼻的現象雖然存在，但越來越少，因為政府和民眾會馬上感知并采取行動。但是有很多致命卻不被人們所聞所見的污染物已經被提到國家的法規之中，如兒童服裝和玩具中的重金屬及持久性污染物質；電子產品，尤其是日用家電中的重金屬和持久性污染物質，必須使用先進的分析儀器才能檢測到；清涼甘甜的水，不一定就是無污染的水。這似乎有些危言聳聽，但的確是對分析儀器制造者的一個挑戰。當人們的生活質量不斷提高后，對環境和生命的要求也越來越高，從而要求分析儀器必須更精密、更準確。
治理是解決“歷史”問題，化解已經造成的污染。但是，更重要的是預防和減少污染。在這方面，分析儀器扮演的是環境衛士的角色，監測排放源和環境中細微的變化和趨勢，為預防和減排提供及時有效的數據。對分析儀器最大的挑戰是長期穩定可靠、連續一致并且能夠抵御惡劣的環境變化，比如在有腐蝕性環境的排放源中。隨著我國工業的發展，技術的進步，國產分析儀器在這一方面已經越來越多地取代了原先需要進口的儀器。
應對環境突發事件是對分析儀器的另一個重要考驗。從吉林化工廠的爆炸事件到“5•12”汶川地震，我們都看到了分析儀器在其中起到的重要作用，如何快速地反應，以最快的速度提供決策所需要的數據至關重要。另外，由于環境事件不可能完全封閉在局部地區，監測其地域的擴散、變化則顯得非常重要。這要求不僅有整體的監測網絡體系，同時還要有可移動跟蹤的分析儀器。